Аллергические реакции 
Пенициллин - вещество малотоксичное, но обладающее значительным индексом сенсибилизации. Сообщалось о следующих реакциях гиперчувствительности, связанных с применением пенициллина: Кожная сыпь, от макулопапулезных высыпаний до эксфолиативного дерматита; крапивница; реакции, похожие на сывороточную болезнь, включая озноб, лихорадку, отек, артралгию и прострацию. Сообщалось о тяжелой и часто смертельной анафилаксии. Как и при других методах лечения сифилиса, сообщалось о реакции Яриша-Герксгеймера. 
Сообщалось о проявлениях токсичности прокаина и реакциях гиперчувствительности.
Желудочно-кишечный тракт 
При использовании пенициллина G сообщалось о псевдомембранозном колите. Симптомы псевдомембранозного колита могут появиться во время или после лечения антибиотиками.