Природные пенициллины считаются препаратами выбора при ряде инфекций, вызванных восприимчивыми грамположительными аэробными организмами, такими как Streptococcus pneumoniae, стрептококки групп A, B, C и G, неэнтерококковые стрептококки группы D, стрептококки группы viridans и стафилококки, не продуцирующие пенициллиназу. Аминогликозиды могут быть добавлены для синергизма против стрептококков группы В (S. agalactiae), S. viridans и Enterococcus faecalis. Природные пенициллины также могут использоваться в качестве препаратов первой или второй линии против восприимчивых грамположительных аэробных бацилл, таких как Bacillus anthracis, Corynebacterium diphtheriae и Erysipelothrix rhusiopathiae. Природные пенициллины обладают ограниченной активностью в отношении грамотрицательных организмов, однако в некоторых случаях их можно использовать для лечения инфекций, вызванных Neisseria meningitidis и Pasteurella. Обычно они не используются для лечения анаэробных инфекций. Модели резистентности, восприимчивости и рекомендации по лечению различаются в разных регионах.